Želimir Žilnik autor je brojnih igranih i dokumentarnih filmova, jedan od začetnika žanra doku-drama, nagrađivan na domaćim i internacionalnim filmskim festivalima. Od samog starta profesionalnog rada na filmu, okrenut savremenim temama, koje uključuju društvenu, političku i ekonomsku kritiku svakodnevice Žurnal o omladini na selu zimi (1967.), Pioniri maleni, mi smo vojska prava, svakog dana ničemo ko zelena trava (1968.), Nezaposleni ljudi (1968.) i Lipanjska gibanja (1968.), Crni film, Ustanak u Jasku i drugi. Studentske demonstracije 1968. godine i veliki potres iste godine, posle okupacije Čehoslovačke, tema su i Žilnikovog prvog igranog filma Rani radovi (1969.), nagrađenog Zlatnim medvedom na Berlinskom filmskom festivalu, kao i sa četiri nagrade u Puli te godine.
Nakon problema sa cenzurom u Jugoslaviji, te zaustavljanja rada na narednom igranom filmu Sloboda ili strip (1972.), takođe u produkciji Neoplanta filma, Žilnik sredinu sedamdesetih godina provodi u Nemačkoj, radeći nezavisne filmove - sedam dokumentaraca i igrani film Raj (1976). Ti filmovi su među prvima tretirali temu gastarbajtera u Nemačkoj, te se i danas pokazuju na retrospektivama i simpozijumima.
Po povratku u zemlju, od kraja sedamdesetih režira seriju dobro primljenih televizijskih filmova i doku-drama, za Televiziju Beograd i TV Novi Sad Bolest i ozdravljenje Bude Brakusa (1980.), Vera i Eržika (1981.), Dragoljub i Bogdan (1982.), Prvo tromesečje Pavla Hromiša (1983.), Stanimir silazi u grad (1984.), Beograde dobro jutro (1986.), seriju Vruće plate (1987.), Bruklin Gusinje (1988.), Stara mašina (1989.), Crno i belo (1990.) i dr. Pomenuti naslovi su nagrađivani na televizijskim festivalima u zemlji i inostranstvu.
Tokom devedesetih, u nezavisnim filmskim i medijskim produkcijama realizuje niz igranih i dokumentarnih filmova na temu kataklizme na Balkanu Tito po drugi put medju Srbima (1994.), Marble Ass (1995.), Do jaja (1997.), Kud plovi ovaj brod (1998) i dr.
